孔融在《三国演义》中，不算主要人物，第四十回，孔融之死的原因是，曹操起兵三十万，欲扫平荆州，征伐刘表、刘备与孙权。孔融认为不可，并说“以不仁伐至仁，安得不败乎!”此话被郗虑报知曹操，同时他又在曹操面前，说起孔融往昔的狂傲，曹操盛怒之下，诛杀…孔融在《三国演义》中，不算主要人物，第四十回，孔融之死的原因是，曹操起兵三十万，欲扫平荆州，征伐刘表、刘备与孙权。孔融认为不可，并说“以不仁伐至仁，安得不败乎!”此话被郗虑报知曹操，同时他又在曹操面前，说起孔融往昔的狂傲，曹操盛怒之下，诛杀了孔融全家，在演义中就此落幕。事实上孔融的坎坷变幻，远不于此。
孔融是孔子二十世孙，自幼以孝知名，文采蜚声一代，是建安七子之一。他的仕途从中央到地方再到中央，在汉末史上，充满着多变的色彩。
嘉平六年(171年)，二十五岁的孔融，在司徒杨赐府为司徒掾(司徒府中的部门负责人)，开始进入仕途。当时正暗中调查贪官，孔融检举的官吏，多是宦官亲族，此事尚书觉得畏难，孔融却严辞不阿。中平元年(184年)，何进封为大将军，孔融奉命致贺，被阻于门外，愤然而去，为此何进曾派出刺客，刺客进言于何进，孔融名气大，此举不是争取人心的办法，当予重用才是，因此孔融又擢升为侍御史(主管宫中奏事，弹劾官吏等)。董卓专权时，又为司空掾，三日后，升迁为虎贲中郎将(负责宫中警卫)，对董卓废立，孔融匡正直言，触犯了董卓，再转为议郎(负责顾问的应对)。
初平元年(190年)，黄巾侵扰州郡，北海国(今山东昌乐西)地处要冲，董卓调任孔融为北海相(朝廷派往诸侯国的鉴察官)，可能是董卓眼不见心不烦。
孔融在北海，以济世为自任，举荐贤才，重用儒士，尤其崇敬经学大师郑玄，在高密县(今山东高密)特立郑公乡。不久，幽州叛军突至城下，北海一片惶恐，孔融出城游说叛军，稳住了局面，又与别将夜袭幽州军，收在部下，但后来这些人还是叛逃而去。
初平二年(191年)，孔融动员吏民，治军讲武，并与邻近互为联合。黄巾张饶所部二十余万，由界内经过，孔融酒后迎战，被张饶所败，退守朱虚县(今山东临朐县东)，收集散兵，并安置被黄巾裹挟的四万余众，置城邑，立学校，推行儒术，彰显孝道，对于无家死亡者，予以妥善安葬。一年后，黄巾管亥又来攻城，孔融自料不敌，向平原相(今山东平原县)刘备求救，刘备以三千援军解围。
兴平元年(194年)，北海处在黄巾的漩涡中，孔融退走徐州(治所在今山东郯城县)，正值陶谦去世，曾力劝刘备担任州牧。兴平二年(195年)，刘备推荐他为青州刺史。当时青州刺史有三人，田楷为公孙瓒任命;袁谭为袁绍所立，孔融仅占据北海国中一、二个县城。建安元年(196年)，因孔融不依附袁绍，被其子袁谭所攻，自春至夏，袁兵猛烈进攻，战斗异常激烈，北海兵仅剩数百人。孔融却凭案读书，小城终于在夜间失陷，妻子被虏，他败逃东山。
建安元年九月，汉帝迁都许县，四十四岁的孔融，被征召为将作大匠(掌管宫室修建的官员)。新都草创，朝中议会或应对事宜，都是孔融主持其中，公卿仅列名次，可见他的学识，在当时是有影响的。现举三例，可见孔融从政的见地。
马日磾奉命出使淮南，有意接近袁术，而袁术却轻视他，并夺其符节(代表中央使臣的一种象征)，至使马日磾呕血而亡，公卿所论是要以礼制表彰他。孔融认为，袁术叛逆蓄谋已久，日磾在彼近一年，必有所知情，却态度暧昧，今皇上体抚旧臣，未加追查细情，就已是很宽恕了，此事不宜过渡宣扬。
建安二年，袁术僭越帝位，太尉杨彪与袁术有亲属关系，曹操以此欲借机除掉杨彪，将他下狱勘问。孔融认为杨彪，三世三公相汉，德高望重，未曾与袁术同流。所以急切找到曹操，以周礼“父子兄弟罪不相及”为其辩解，曹操内心虽是耿耿于怀，但找不出杨彪与袁术的任何瓜葛，罪名难以成立，最后只好放了杨彪。
建安四年，孔融调任为少府(掌管皇帝衣帽、膳食的管员)，当时荆州牧刘表，不向朝廷进贡，又自行郊祭天地，是僭越行为。汉帝诏示群臣讨论，孔融分析道，刘表虽然拔扈一方，罪不容赦，但是为了当前大局，暂时还不易掲露他，因为他地处偏远，不可能有大的作为，陛下应以国家为重，一旦听说不轨就兴兵讨伐，这不是解决问题的根本的办法。我以为要先放一放刘表的事，以便巩固全局。孔融对曹操，言语多有讥讽，来表明自己态度，史有其例是：建安九年(204年)，曹操攻占邺城，曹丕私纳袁熙之妻甄氏，孔融致书于曹操说，“武王伐纣，以妲己赐周公。”曹操事后问孔融，出自那种典籍?孔融回答“以今度之，想当然耳。”建安十一年(206年)，曹操北征乌桓，孔融曾说，“大将军远征，萧条海外。昔肃慎不贡楛矢，丁零盗苏武牛羊，可并案也。”意思是说，商周时的肃慎族，不向伐纣的武王贡献楛矢(楛是一种做箭杆树木);前汉苏武在北海放牧，羊群被丁零人盗走，这些事都可以一并结案了。稍后，孔融反对曹操禁酒，曾说“人有旨酒之德，故尧不饮千钟，无以成其圣，且桀紂以色亡国，今令不禁婚姻也。”再后，孔融为了限制其权力，上奏汉帝宜推行“王畿制”，即在京城千里内，不予分封。因孔融知名，曹操表面上虽似宽容，但心中却非常忌恨。
有一个叫郗虑的人，深解曹操之意，他上奏汉帝，因为一些小过，力谏罢免孔融。郗虑与孔融是同乡，他的带头，颇有震撼力。再后由曹操出面，致书于孔融，劝说孔融与郗虑和解，不要因为一些误会，成为隔阂。书中重点在最后一句，“破浮华交会之徒，计有余矣。”意思是说，你不要再夸夸其谈，并结交类似的朋友，暗示孔融站到曹操这边。建安十二年(207年)，曹操又推荐他为太中大夫(掌管议论政事)。这一软硬兼施的信号，并没改变孔融的初衷。
孔融直言无忌，闻人之善极力宣扬，面告其短退称所长，知无不言以为己过，所以海内英贤都信任他，经常是宾客盈门，“坐上客恒满，尊中酒不空”。孔融的威望，终于使曹操采取了果断措施，使郗虑再次罗织罪名，令路粹出面，掲发孔融的“四大罪状”：一，在北海见汉室多故，招集徒众说，“有天下者，何必卿金刀。”又与孙权使谤讪朝廷，这是叛逆证据。二，身在公卿之列，衣冠有违礼仪，带头冒犯朝威。三，孔融曾说，“父之于子，当有何亲?论其本意，实为情欲发耳。子之于母，亦复奚为?譬如寄物缶中，出则离矣。”这些有悖人伦之说，是大逆不孝表现。四，孔融与祢衡相互吹捧，祢衡说孔融是“仲尼不死”;孔融回答是“颜回复生”。以上所为，应处予重罪。
曹操以此为典型，于建安十三年(208年)五月，诛杀了孔融与其全家，就这样五十六岁的孔融，被划上叛逆加不孝的句号。因为孔融在社会上，影响重大，事后，曹操又觉得难以服众，所以又亲自发布一篇“宣示孔融罪状令”，在这篇文告中，曹操不谈叛逆，只着重指出他“违天反道，败论乱理”的罪名，宣示于诸军将校，并以此搪塞世人。
纵观孔融一生，他的仕途并没有带给他多大荣耀，而他的落幕是，以孝知名又毁在孝字上，真是有些不可思议。孔融曲折的经历，诠释了一个书生报国，心有余而力不足的悲剧，他的实践可以从三个方面总结。
第一，孔融就任一方，在大动乱中，虽然也曾整军备武，但看不出他的自卫能力，说明他缺乏军事才能。而他的要旨是，试图以兴学重儒，举荐人才，达到以文治乱的目的，结果证明，在乱世权变中，到处碰壁。孔融近乎荒唐的临阵对敌，又只能是屡屡败北。这股书生气，在兵荒马乱中，显得即苍白又不合时宜，面对这一现实，孔融并没有从失败中，感悟到教训与启示。
第二，孔融在中央，无论是董卓还是曹操当权，他敢于不惧权势，直言不讳，嫉恶扬善，试图以自己意愿，匡正朝纲，这些都寄托着孔融济世的才识。低调处理马日磾;全力营救杨彪;对刘表知而不发，这些主张，应该说有利于当时政局的稳定，说明他在从政上还是有高明之处，倘若在治世时，说不定他会大有作为。孔融投身在衰微的乱世，力图再造中兴，只能是他一种夙愿。《后汉书》说他，“负其高气，志在靖难，”就是这种寄托。
第三，孔融出身世家，正统思想根深蒂固，他与曹操，是同时代人，但他与曹操的政治取向，是截然不同，当初，袁绍、曹操初露头角时，有人劝他要结识一方，孔融深知袁、曹终要图谋汉室，怒杀其人，表明了他的立场。
十多年来，曹操大权在握，在朝中扶植亲信，挟天子令诸侯，已成为既定的事实。孔融在曹操控制下的朝廷中，敢于锋芒毕露，抵制曹操，可见他不懼权势，是有些胆略，但这种无畏的对抗，没有一点用处，也不可能左右大局，相反，必然为曹操所不容。曹操诛杀孔融，就是要在朝中，清洗那些拥汉势力，以便攫取更大的权力。果然，孔融被杀后，六月曹操自立为丞相。
按孔融的一贯所为，不可能如路粹所说，是背叛加不孝。曹操在“宣示孔融罪状令”中，不提叛逆一节，就已否定了这一点。在所有罪状中，孔融的一些言论，是在什么情况下说的，是否真如此，已无从查证，即使如路粹揭发，一些有损于形象的戏虐之言;还有他推荐的袮衡，给曹操带来的挥之不去的阴影。这些也不足以构成死罪，更何况是株连全家!曹操含糊其辞处置了孔融，更加无所顾忌。七月，曹操亲率大军征讨荆州，迈进了赤壁之战的前夜。
孔融不具应变之策，仅以书生的热情，冲在治乱的实践中，实际上是志大才疏，注定要倒在强权下。反之，即使曹操不杀他，恐怕他也难有作为。
孔融对曹操，言语多有讥讽，来表明自己态度，史有其例是：建安九年(204年)，曹操攻占邺城，曹丕私纳袁熙之妻甄氏，孔融致书于曹操说，“武王伐纣，以妲己赐周公。”曹操事后问孔融，出自那种典籍?孔融回答“以今度之，想当然耳。”建安十一年(206年)，曹操北征乌桓，孔融曾说，“大将军远征，萧条海外。昔肃慎不贡楛矢，丁零盗苏武牛羊，可并案也。”意思是说，商周时的肃慎族，不向伐纣的武王贡献楛矢(楛是一种做箭杆树木);前汉苏武在北海放牧，羊群被丁零人盗走，这些事都可以一并结案了。稍后，孔融反对曹操禁酒，曾说“人有旨酒之德，故尧不饮千钟，无以成其圣，且桀紂以色亡国，今令不禁婚姻也。”再后，孔融为了限制其权力，上奏汉帝宜推行“王畿制”，即在京城千里内，不予分封。因孔融知名，曹操表面上虽似宽容，但心中却非常忌恨。
有一个叫郗虑的人，深解曹操之意，他上奏汉帝，因为一些小过，力谏罢免孔融。郗虑与孔融是同乡，他的带头，颇有震撼力。再后由曹操出面，致书于孔融，劝说孔融与郗虑和解，不要因为一些误会，成为隔阂。书中重点在最后一句，“破浮华交会之徒，计有余矣。”意思是说，你不要再夸夸其谈，并结交类似的朋友，暗示孔融站到曹操这边。建安十二年(207年)，曹操又推荐他为太中大夫(掌管议论政事)。这一软硬兼施的信号，并没改变孔融的初衷。
孔融直言无忌，闻人之善极力宣扬，面告其短退称所长，知无不言以为己过，所以海内英贤都信任他，经常是宾客盈门，“坐上客恒满，尊中酒不空”。孔融的威望，终于使曹操采取了果断措施，使郗虑再次罗织罪名，令路粹出面，掲发孔融的“四大罪状”：一，在北海见汉室多故，招集徒众说，“有天下者，何必卿金刀。”又与孙权使谤讪朝廷，这是叛逆证据。二，身在公卿之列，衣冠有违礼仪，带头冒犯朝威。三，孔融曾说，“父之于子，当有何亲?论其本意，实为情欲发耳。子之于母，亦复奚为?譬如寄物缶中，出则离矣。”这些有悖人伦之说，是大逆不孝表现。四，孔融与祢衡相互吹捧，祢衡说孔融是“仲尼不死”;孔融回答是“颜回复生”。以上所为，应处予重罪。
曹操以此为典型，于建安十三年(208年)五月，诛杀了孔融与其全家，就这样五十六岁的孔融，被划上叛逆加不孝的句号。因为孔融在社会上，影响重大，事后，曹操又觉得难以服众，所以又亲自发布一篇“宣示孔融罪状令”，在这篇文告中，曹操不谈叛逆，只着重指出他“违天反道，败论乱理”的罪名，宣示于诸军将校，并以此搪塞世人