汤若望是一名外国传教士，曾凭借自己广博的知识得到过顺治帝的信任与赏识，被尊称为“玛法”。顺治死后，他却很快沦为了阶下囚，并险些丧命。
汤若望在中国竭力传播基督教，但对于佛教、道教占主导地位的中国来说，这是十分困难的，并遭到了很多势力的阻挠和破坏。钦天监(清代掌管天文历法的官员)杨光先就是一个心术不正，专靠诽谤为能事的家伙，他先后把一百多个无辜的人投入监狱。杨光先信奉道教，从1660年开始，他就为反对耶稣基督而四处活动，并发誓要从根上铲除耶稣宗教，尤其是作为耶稣会北京教区区长的汤若望。
杨光先拉拢礼部尚书恩格德，诬蔑说，由于汤若望为皇太子选的葬日不合理，所以引起了董鄂妃的早逝及顺治帝的莫名亡逝，要汤若望为此事买单。对于这莫须有的罪名，辅政大臣鳌拜却深信不疑，因为他信奉萨满教。四辅政大臣中的另三位也都要求处罚汤若望。
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1664年4月20日，汤若望突然因脑溢血而半身不遂，不仅不能正常行走，连说话也开始含混不清。就在他快要丧失语言能力和反抗能力时，杨光先趁机施以打击。他写了一本名为《不得已》的诽谤之书，公开宣布汤若望及同伙南怀仁、布格里沃和马格拉斯，还有四名中国教徒都是煽动者，其罪名为谋逆罪、散布谬误的道德伦理和错误的天文历算。
汤若望及其同事被逮捕起来，由于有皇帝的命令，汤若望没被戴上枷锁，但他的同事每人都被九条铁链锁住。铁链十分沉重，使人坐卧不安，只能整天爬在地上。每个被关者都有五名人员看守，审问时又必须连续数小时跪对审判官，这对半瘫痪的汤若望来说更是苦不堪言。
当汤若望入狱时，天空中出现了一颗彗星，在中国人看来这是极为不祥之物，同时也是一种莫大的警告。并且还有一股巨大的沙尘暴刮遍北京城，刑部大院更是落满了沙尘，于是刑部希望尽快结束这场审判。
这时，狱中的南怀仁被突然松绑，他接到命令从牢窗的小孔中计算下一个日食的时间和规模。刑部的官员企图让神甫在这种过于简陋的观测条件下工作，以使他们在计算上失误，从而证实基督徒在传播错误的天文历算。在狱中，南怀仁一直细心照料比他大26岁已危在旦夕的汤若望。在审判时，他充当汤若望的大脑和喉舌。南怀仁在狱中依照欧洲的历算学方法，由不能正常言语的汤若望当顾问，终于测出了下一个日食的时间。同时，中国和阿拉伯学者们也各依其法进行了测算。
中国天算学家预告：2点15分。阿拉伯天算学家预告：2点30分。耶稣会神甫预告：3点。
朝内的重要官员齐集观象台上，都想弄清在中国、阿拉伯和欧洲的三种天文计算中，究竟谁属谬误者?这对正在遭到厄运的耶稣会神甫来说，则是生死攸关的问题。一名卫兵取下南怀仁的手铐脚镣，放下脖子上的枷锁，教士们被允许在监牢内观察日食情况。汤若望仍然躺在牢内喘着粗气，不时陷入昏迷之中。真相大白的时刻逼近了，猛然间，一个站在时刻表前的人喊到：“现在是中国人测报的时刻，2点15分，无日食发生，16分、17分、18分……”大统历的计算方法被排除在正确之外。
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“现在是回回历的测报时间，2点30分。”然而太阳上并未出现丝毫蚊子，失望的观察者还在等待，5分、10分、15分……阿拉伯人也被击败了。
“3点整，现在就到你们预报的时间了。”牢内的大官盯着汤若望，恰巧此时他刚醒。3点整，第一丝影子投到了太阳上，这只是神甫的第一个胜利。影子越来越大，逐渐遮盖了整个太阳，这又是一个胜利，因为神甫们预报将是日全食，而中国和阿拉伯学者都预报是日偏食。
邸报神甫们的胜利消息传遍全国，大统历和回回历的天算家们被无情地击败了。刑部官员们无视已出现的事实，仍聚众议决欧洲历算学家的正确与否，可笑的是，他们对西方的数学和天文学近乎无知。南怀仁向中国官员保证，将准确报出昼夜一般长的春分时间，以此证明欧洲历算法的优越性。然而，这些人就像烫伤的小虫害怕再见到火一样，他们只知道谴责汤若望和他的科学。
不久，汤若望被判斩刑，鳌拜将其改为凌迟。凌迟是中国最残酷的刑罚，即在人活着的时候就开始分割身体。汤若望将被一刀刀割死，为延长死亡过程，还要用烙铁和热油去止血。而他的同事则将被判一百棍，驱逐出境。
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正当汤若望的判决被达到11岁的康熙皇帝面前时，上午11时，天和地又开始发生巨大变化了。天空中又出现了一颗慧星，拖着长长的尾巴。地面发生了一次大地震，持续长达三天，北京城和皇宫晃得像一条海上的船。监狱的墙塌了，卫士们吓得惊慌失措，房屋在强震中像纸牌一样成片塌倒。地面到处出现大裂口，城墙多处毁坏，火灾四处蔓延……。尤其令人可怕的是，一股飓风夹带着黑云遮天盖地而来，皇宫内的大臣、贵戚和宫女都吓坏了。皇帝的祖母孝庄太皇太后带着小皇帝康熙跑到外边，住在了搭在瓦砾上的帐篷内，年老的皇太后哭着说：“这是天谴啊!”
在老天爷的无情打击下，辅政大臣们不得不退却，最后放弃处死汤若望的决定，将他释放，汤若望就是在这种情况下死里逃生的。