自司马绍登基，看着这小娃坐在宝座上，王敦篡位之心欲止不能，他先是不断给皇帝施压，因为这老贼手握重权，所以司马绍没法子，只好给了他一个又一个的特权，感觉就像是爸爸收拾儿子。慢慢的，王敦大军进驻姑孰，屯兵于湖，早上出兵夜间即可抵达皇宫。可见司马绍依然是王敦囊中之物了。
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司马绍血气方刚，刚刚继位，精力充沛，肯定要做出什么来，就这么束手就擒，必然不会。看着来自王敦方面越来越强的压力，司马绍也在做着应对，他命郗鉴为兖州刺史，都督扬州江西诸军事，镇守合肥。一个手握重兵的异己怎么可以让他雄踞自己身后，王敦不满意了，于是上疏司马绍，推荐郗鉴调回中央任尚书令。拿着这份奏疏，司马绍开始不得不接受一个事实，那就是做皇帝有时也要看大臣脸色。
郗鉴回建康的途中，在路过于湖时曾拜见过王敦，两人讨论了洛阳时期当权官员的得与失。但王敦把自己的对头放走了，这么做他是另有心机。郗鉴不服那又能怎么样，把他一个人扔到朝廷，即使有天大的本事，他始终只是一个郗鉴而已嘛，所以何必要那么胆战心惊的呢。通过郗鉴事件，王敦也发现司马绍不是个甘愿受人摆布之人，于是更加积极的谋求扩张王姓家族的势力，让自己的羽翼丰满。
王敦认为对以后登基来说，还存在那么一个威胁，那就是当地的豪族，周家。王敦和他的王家今后要想在江东这块地方站住脚，就必须先解决当地的豪门大姓，要么联合，要么打压，权衡利弊，他选择了后者。王敦将周家的几个代表人物全部诛杀。至此，王敦再也没有顾忌，放眼前方真是一马平川，踏破建康已是举手之劳，眼看另一场暴风骤雨即将袭来，东晋小朝廷却显得那个的无助和不堪一击。此时，暴风骤雨前的狂风已经吹进了建康城，但可能谁也没想到，就在这打击到来之前，变故再次降临，王敦病了。
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王敦病了，而且很严重，就很刘渊一样，王敦此次也是暴病。王敦没有儿子，于是把老弟王含的儿子王应过继到自己膝下，等到王敦病重，就假传圣旨，任命王应作自己的副手，再任命王含为骠骑大将军。智囊钱凤看着王敦日渐消瘦，就问其身后之事，王敦的回答出乎意料。虽然兵犯建康，诛杀大臣，逼死皇帝，但王敦并不认为自己会受灭门之灾，因为他坚信司马绍不会报复，因为他司马家还要倚靠王导。
真正点燃这场战争导火索的却是王导，温峤来到建康，带来王敦兵力部署的同时，也带来了王敦病重的消息，于是王导就设立灵堂，发出讣闻，大家看到这架势，都相信王敦已经病故，于是精神大振。司马绍就借着这股士气，向全国颁布诏书，一条条罗列王敦罪状，并发出讨逆檄文。王敦看到诏书，病情加重，已经不能起床，但他心里也清楚，此时除了一战别无他法，就这样躺在床上调动大军进攻建康。
后来王敦挺不住死了，王应就拼了命的玩女人，虽然现在还没几个人知道王敦的死讯，但叛军的指挥已经完全混乱，就像没头苍蝇一样，飞到哪是哪。此后沈充带着一万人与王含、钱凤等人会师，而朝廷的勤王军也从四面八方涌来，兖州刺史刘遐、临淮郡长苏峻也带着一万精锐抵达建康，司马绍不等天亮，深夜召见二人，分别赏赐将士。沈充等人听说朝廷援军赶到，就趁着这支军队正处疲劳之际发动进攻。沈充等人强渡秦淮河，政府军不支，叛军于是攻进建康，铲除政府军的防御工事，准备进一步进攻皇宫。但就这这个时候，刘遐、苏峻大军突然从秦淮河南岸杀到，叛军做梦也没有想到自己身后居然有人，于是仓皇之间全军崩溃，仅在秦淮河溺死的就有三千多人。刘遐紧追，在钟山下再败沈充，至此叛军大势已去。
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之后王含纵火焚烧大营，趁夜逃亡，司马绍返回皇宫，大赦天下，历时两年半的王敦叛乱被彻底剿灭。随后朝廷开始善后处理。王含返回于湖，带上王应打算投奔荆州，王应出乎意料的表示不如投奔江州，王含不从。两人到了荆州后，果然被王舒捆绑，投入长江淹死。而王彬听说王应有意来投，已经秘密准备接应船只，后来没有接到王应，只能深感遗憾。
王敦的尸体被挖出来，下跪鞭尸，然后弃尸朱雀桥，任其腐烂发霉，飞禽恶虫分食。