明穆宗朱载垕在位时间六年，算是明朝一个比较中庸的皇帝，没有大的作为，也没有大的过失。
即位之初，穆宗颇有节俭之风，在朝政的处理上，也不乏振兴之举，面临着世宗遗留下来的严重财政危机和不安定因素，他任用徐阶、高拱、张居正等一些出色的政治家。虽然没有形成“中兴盛世”的局面，却在很大程度上缓解了世宗朝遗留的一系列政治危机。
隆庆六年(1572年)，穆宗在乾清宫病故，年仅十岁的神宗朱翊钧即位，称万历皇帝。
万历皇帝上任的第一件事就是为先帝选择风水宝地，新建陵寝。礼部左侍郎王希烈奉神宗之命前往天寿山为穆宗选择陵地，最终选中了永陵(世宗陵寝)左侧的潭峪岭。同年的六月，神宗又命张居正与司礼监太监再去陵区审视。
回京后，张居正对神宗说：送终的事情重大，寻找陵地的风水应该考虑详尽，他建议参照嘉靖年间选永陵的事例，派遣礼部工部以及钦天监通晓地理阴阳的官员，一同前往察看。
于是，神宗再次派出相关官员前去察看，回来后在张居正等人的建议下，神宗决定采用大峪山作为穆宗陵寝的修建地点。
那么为什么选好的潭峪岭不用，而用大峪山呢?根据当时的历史背景分析，原因主要有两个。
其一，大峪山的“风水”优于潭峪岭。张居正对大峪山有一番描述。他说那里“山川形势结聚环抱，诚天地之隩区，帝王之真宅也”。而潭峪岭，则人多认为不吉。明朝中叶，虽然对风水之说不再过分追求讲究的情况之下，但尽量选择吉而葬，面子上看来是情理之中的事情。
其二，张居正是个务实的政治家。关键的原因是，大峪山有现成的玄宫和部分地面建筑，稍微修整一下，陵园就可大功告成，事半功倍，省时省力，节约大量开支。
那么问题来了，大峪山的这个陵寝是谁的?又是什么时候修建的呢?
这就要回到嘉靖皇帝时期的一些历史了，正德十六年(1521年)三月，武宗朱厚照在他的淫乐窝--豹房病死。死后没有子嗣继承皇位，所以孝宗皇帝的弟弟兴献王之子朱厚熜得以继承皇位，即世宗皇帝。
世宗即位以后，在经过“大礼仪”之争以后，于嘉靖三年(1524年)四月，追尊自己的生父原兴献王为皇考恭穆献皇帝，尊生母蒋氏为章圣皇太后。同年将已经死去的兴献帝修葺陵园，称“显陵”。这时大臣为了讨好世宗皇帝，建议将埋在湖北的献皇帝陵寝迁回北京，改葬天寿山，这正中世宗的心意。
随后，世宗命工部办理此事，而尚书赵璜认为不能改葬，理由是：皇考体魄所安，不可侵犯;山川灵秀所萃，不可轻泄;国家更本所在，不可轻动。他主张像太祖朱元璋不迁皇陵，太宗(成祖)朱棣不迁孝陵一样，不把显陵迁往天寿山。礼部尚书等大臣也极力反对，世宗只好作罢。
事隔十几年后，世宗的母亲章圣皇太后蒋氏于嘉靖十七年(1538年)病故，世宗忽然又下诏在天寿山营建显陵，打算把父母合葬于天寿山。他还亲自到天寿山选择陵址，见大峪山是个建陵的好地方，马上命令武定侯郭勋和工部尚书等人负责建陵。
可是没过多久，世宗又变主意了，他说：“迁陵一事，朕中夜思之，皇考奉藏体魄将二十年，一旦启露风尘之下，撼摇于道路之远，朕心不安。”并打算将母亲蒋氏也南葬于显陵。他让锦衣卫指挥赵俊去湖北显陵，“开启玄宫，审视大内”。但回报后说玄宫渗水。
世宗不放心，亲自去湖北显陵察看，命重新建造显陵，以待合葬。世宗在回京的路上，沿途经过庆都尧母墓，他灵机一动，又想效仿尧父母异陵而葬的故事，不迁父亲的棺椁，而将母亲葬于大峪山。
嘉靖十八年(1572年)，世宗亲自视察大峪山工程项目，又对大峪山表示不满意，如此来来回回的改变主意，这座新建的陵园便空了下来。而穆宗生前没有建陵，此时正好用上。
隆庆六年(1572年)七月，工部尚书朱衡视察工地回来，向神宗汇报了玄宫的情况，他说为献皇帝修建的玄宫里面非常干净气派，神宗听了很高兴，随即让礼部议定发丧事宜。
同年九月，穆宗皇帝的棺椁葬入陵内，改名昭陵。像这样利用别人建造的玄宫埋葬帝后的，在明朝是唯一的一例，不过也不算屈就了穆宗，毕竟也是自己亲爷爷的陵寝，而且也是按照帝王规格营建的。
仅仅过了一年的时间，昭陵的地面建筑也全部完工，由于修建的时候比较仓促，后来又有修整，整个陵寝共耗银一百万两，比起神宗的定陵八百万两来，穆宗实在是给张居正省下了一大笔开支。