虽然是万乘之尊，可命运还是公平地惩治了他的放浪行为，他死时几乎全身溃烂，恶臭远播，人人敬而远之，他空洞而绝望的眼中满含眼泪。他是中国历史上唯一一个死于性病的皇帝，他的死是大清皇朝一段羞于启齿的疮疤，也是他荒淫生活的一个总结，却是慈禧重掌朝政的一个契机。
同治帝的放浪形骸很快受到惩处，他有轻微的淋巴结肿大和下体红肿现象，可他不以为意，也羞于启齿，照样行为诡异地周旋于皇宫和花街柳巷，大约三周左右，病毒已经侵入他的五脏六腑。直到同治十三年(1874)十月二十一日，同治帝驾幸西苑时受凉，刚开始只是身体有些不适，一两天后病情加重，卧床不起，太医们全体出动，集体会诊，可大家各执一词，难有定论，由于病情恶化较快，御医们必须轮流值守，以备不时之需。十天后的一个午后，同治帝的病情突然加重，四肢无力，浑身酸软，发热头眩，皮肤上出现没有凸起的疹形红点。慈禧大惊失色，难道是天花?顺治帝因天花而英年早逝，康熙帝因得过天花而被选为皇嗣，大清朝对天花已经产生了强烈的恐慌心理。太医不敢言明，其实他们早已明白，这是比天花更可怕的病——梅毒。这种通过性传播的疾病根本没有治愈的可能，而且死相凄惨。慈禧下令施以治天花的药物，气急败坏的同治帝对着母亲吼道：“朕根本没得天花，你存心置朕于死地!”御医们满腹狐疑，却不敢多言，只是照慈禧之命行事。
皇宫不会把这种让大清国蒙羞的事公诸于众，两宫太后对外宣称同治帝得了天花，皇宫忙着送痘神娘娘。慈禧命令将痘神娘娘迎到养心殿，宫内铺上红地毯、贴上红对联，营造出一片喜气。两宫太后整日叩拜祈福，期望痘神娘娘早点将撒下的天花收回，供奉三天后，又举行了隆重的送别仪式，恭送痘神娘娘于大清门外，用纸扎的龙船、金银玉帛举火焚烧，使痘神娘娘在飞腾的烈焰中升天而去，由此带走同治帝满身的水痘，平安度过劫难。同治帝并未得到痘神娘娘的神佑，同治帝身上的疹形红点开始化脓，朝廷内外心急如焚。几日后，两宫太后一起到景山寿皇殿祈求祖先神灵赐福，保佑儿子平安无事。
此时的同治帝已经无力再处置朝政，可放眼百官臣僚，个个以太后马首是瞻，值得信赖和托付的人几乎没有，他权衡再三，将阅折权和批折权完全交给了帝师李鸿藻和亲王奕。皇权下移必然引来风波，李鸿藻和奕自知深处险境，有意谦退，以免惹火烧身，一时出现了权力真空。退居幕后达一年之久的慈禧早已按捺不住内心的狂喜，她不能坐视大权旁落，她要到前台来，二度垂帘听政，怎样才能不着痕迹，让大臣们心服口服地请她到前台主持朝政?这需要一番精心准备才行。不久，由她导演的一场好戏即将上演。
十一月初八上午，两宫太后在同治帝御榻前召见了军机大臣和御前大臣，慈禧持烛让大臣们瞻仰圣颜：同治帝容颜憔悴，目光微露，身上布满红色斑点。所有大臣都明白了一个事实：同治帝的病是短期内治愈不了的。从同治帝寝宫出来，两宫太后请大臣们就政事裁决拿个妥当主意。大臣们立即心领神会，一齐请求太后以天下事为重，再度垂帘听政。慈禧暗喜，一切如她所愿，可她觉得这还不够，她要让大臣们觉得非她不行。当天下午，太后再度在同治帝御榻前召集群臣。同治帝气色稍有好转，声音饱满有力，可脸上红疹迭起，个别处还有脓汁溢出。大臣们再度面请太后代阅一切奏折，慈禧稍示推托，大臣们再请。同治帝此时已焦躁不安，亲政一年，还未享受到唯我独尊的滋味，大限之期就要到了，他心有不甘，却万般无奈，此时他如万箭穿心，只求大臣们快快退出，他将布满红疹的手高高举起，让大臣们看个清楚。大臣们虽不愿再次女主临朝，可事已至此，他们不得不再提垂帘听政的请求，慈禧再次忸怩作态，假意勉为其难地接受了大臣的请求。跟儿子争了一年多的至高皇权再次回到她的手中，慈禧的心中只有掩饰不住的得意。
十一月二十日，同治帝的病情似乎得到了缓解，红疹逐渐消失，溃烂处也开始结痂脱落，但太医称“余毒未尽”，其中的潜台词不言自明。同治帝依然动弹不得，全身剧痛，腰腹部红肿，不久病情来得更加凶猛，肿处溃烂，溃烂处越来越多，脓血流出体外，恶臭渐渐散布整个宫殿。太医们用“外用拔毒膏”反复擦拭，脓肿处不断增多，不断扩大，从腰腹到四肢，到头部……毒性蔓延全身，脓肿也随着蔓延全身。太医们还在用天花的药物，当然这是慈禧吩咐的。慈禧依然对外宣称同治帝得的是天花，只是病情渐重的消息，她都会直言不讳地通报群臣。同治帝渐渐精神不济，连坐起来都困难了，大臣们也渐渐失去了信心。
自从同治帝病倒以来，失去了保护伞的皇后处境更加凶险，慈禧指责皇后不贤德，将皇帝的病和荒废政务全归罪于她，宣布未经她的允许不准皇后靠近皇帝一步。皇后委屈，但无处可诉。听说平日相敬如宾的同治帝病毒已侵占五脏六腑，因余毒的蔓延，同治帝连牙龈都呈黑褐色，皇后担心同治帝熬不过这场劫难，可咫尺之遥却无缘见面。皇后费了千辛万苦，买通了太监，终于得到一次偷偷探望的机会。皇后走向同治帝的寝宫，当她见到病榻上的丈夫时，虽然已有心理准备，可她还是吓了一跳，同治帝就像一只烂透了的桃子，满目疮痍。夫妻四目相望，泪湿双颊，双手相握却一时相对无言。同治帝怨恨母亲已不是一天两天的事了，这次生病，母亲的态度更让他伤心透顶，他还期盼自己有康复的那一天。他试图拭去皇后脸上的泪珠，可他举手无力，只是用力握住皇后的手，劝慰皇后：“你暂时忍耐，总有出头的日子!”
说者无心，听者有意，这短短的一句话却被慈禧的耳目听到了。
慈禧正处理完朝政回宫，听到宫人的报告早已怒不可遏，冲到皇帝的寝宫，揪住皇后的头发，迎面就是一个耳光。同治帝气得瘫倒在床上，双手握拳，满面紫红，却喊不出来。皇后一向小心翼翼，不敢忤逆慈禧，一时受了这样的责罚，也不知如何应对，情急之下说了一句：“哀家是从大清门进来的，请给媳妇留一点体面。”慈禧自己是偏妃出身，一直引以为憾，皇后的话无疑揭了她的伤疤。大清门进来的就要高人一等?慈禧要给这个不知天高地厚的媳妇一点颜色瞧瞧。慈禧叫人立即杖责皇后。刑不上大夫，何况是母仪天下的皇后，杖责在宫中是只对出身低贱的宫女和太监才会用的刑，现在却要用到皇后身上。皇后哭喊开来，同治帝闻讯却无力阻止，气得一时晕厥过去，御榻前一阵慌乱，慈禧这才下令免了皇后的刑罚。到了这份上，母子关系早已荡然无存，儿子的病已回天乏术，慈禧也不再怜惜他，她不会让他再折腾，她必须把皇权牢牢掌握自己手中。
同治帝的病已经到了秋末叶落的时候了，经过这番惊吓愈发衰弱，已经是朝不保夕了，他必须保全皇后。同治帝设法支开所有的侍从，偷偷传来皇后和师傅李鸿藻。同治帝担心自己死后，母亲会从皇族中拥立一个年幼的孩子，继续执掌朝政，便命李鸿藻拟遗诏立已经成年的多罗贝勒载澍为皇太子。
洋洋数千言的遗诏草稿拟好后，同治帝命李鸿藻回去好生润色，第二天拿出正式文本来见自己。
临终受遗命，李鸿藻明白这其中的分量，他也想念及师徒情深。他一宿未眠，反复掂量，权衡利弊，第二天一早还是将遗诏送到了慈禧手上。慈禧看完遗诏后，铁青着脸，立刻把遗诏扔到了火盆里，遗诏在火光中灰飞烟灭。
李鸿藻的一去不回，也让同治帝感到了事态不妙。慈禧对儿子只剩下恨，她下令断了同治的一切医药饮食，所有宫娥太监撤出乾清宫，没有她的命令不得出入。慈安也想干涉，只是早已有心无力，既然慈禧连自己的亲儿子都下了狠手，自己何必去趟这浑水。同治帝恨自己生在帝王家，他不敢想象慈禧会对皇后下什么狠手，可他只熬了一天，便怀着对皇后的无限担心驾崩了，时间为同治十三年(1874)十二月初五，离他过二十岁生日还有将近半年。
慈禧给了他生命，却又无情地摧残了他的生命。同治帝一死，慈禧就成了太皇太后，再也没有理由垂帘听政了，掌权的应该是阿鲁特氏。可如今的慈禧已不是十几年前的懿贵妃了，翻手为云、覆手为雨的伎俩，慈禧已练到了炉火纯青的地步，她不会允许皇权就这样离自己而去。
同治帝一死，慈禧把这么多年来母子间的、婆媳间的积怨全部发泄到阿鲁特氏的身上。阿鲁特氏得知同治帝驾崩后哭得死去活来，终日以泪洗面，可慈禧不让她到灵前拜祭，不让她出宫中半步，她在大臣们面前就像凭空消失了一样。崇绮痛心疾首，却对女儿的处境爱莫能助。阿鲁特氏私下派人去询问父亲的意见，他送给女儿一个空食盒，暗示要女儿绝食而死。
阿鲁特氏明白，自己是婆婆掌权的一个绊脚石，慈禧不会给她活着的机会……连父亲都来催她上路了。阿鲁特氏并不怕死，可她发现自己已经怀上了同治帝的遗腹子。万一是个阿哥，同治帝不就有后了?一个母亲的护子天性让阿鲁特氏变得坚毅而决断，她尽力吃下所有能得到的食物，尽力掩饰自己怀孕的事实。可皇宫实在太小，任何微小的变动都逃不过慈禧的法眼，很快慈禧也得知了她呕吐的迹象，这是一个危险的信号，慈禧已经被权欲冲昏了头脑，哪怕自己唯一的孙子也不行，只要是阻挡她揽权的障碍，她一个不留。慈禧干脆断了阿鲁特氏的饮食，两个月后，阿鲁特氏才吐出了胸中的最后一口怨气，带着未出世的孩子离开了人世。
既然她已经不能对慈禧的垂帘听政构成任何威胁了，慈禧也赏赐她一点点哀荣来显示自己的宽宏大量和不计前嫌，她封她为“嘉顺皇后”，下谕旨表彰她为夫殉节的壮烈之举。慈安是在咸丰帝驾崩的当天封为太后的，慈禧是在咸丰死后第二天封为太后的，而同治帝已经死了七十五天，这位从大清门进来的皇后却连一个太后的封号都没有。慈禧专门为已故的同治帝皇后下了两道懿旨，来表彰她的嘉德懿行，还将她与同治帝合葬在惠陵地宫，他们终于可以不受太后的干扰同穴而眠了。
同治帝和皇后的死不过是皇宫里的一个插曲，很快波平浪静。当一切烟消云散，当夜深人静时，慈禧还是会怀念儿子，会心痛儿子的英年早逝，时常跟慈安聊起儿子的顽皮和可爱，不过那都是他童年的故事。