在帝制时代，皇位的交接异常重要，稍有不慎，就有可能引发强烈的政治动荡，甚至大规模的军事战争。有鉴于此，一般都会早立储君，断绝人们对于皇位的觊觎。因为立储关于国脉，所以储君又被视为国本。
明神宗大婚后一直无子，万历九年的一天，神宗在慈宁宫私幸了一个宫女王氏，却阴差阳错地让她有了身孕。起初，神宗死活不认，直到太后命人取出《内起居注》核实，才被迫承认。在太后的干预下，王氏被进封为恭妃，随后产下了皇长子朱常洛。但是万历与王氏云雨并非出于喜欢，而是一时性起，他真正宠爱的是德妃郑氏。万历十一年，郑氏生下皇二女，次年就进封为贵妃，万历十四年生下皇三子朱常洵后，旋即被进封为皇贵妃。这种进封速度使得“中外籍籍，疑上将立爱”，即神宗有可能撇下长子常洛而册封三子常洵为太子。但是依据“有嫡立嫡，无嫡立长”的皇位继承原则，废长立幼是有悖常理的，无法得到廷臣的认可，于是他们纷纷上疏，想让神宗尽快立常洛为太子，以免夜长梦多。
万历十四年二月，首辅申时行首先上疏，请求早立储君，神宗批示说长子还太年幼，再过个两三年吧。神宗的敷衍引发了臣下的不安，于是户科给事中姜应麟首先上疏抗争，言辞激烈，引得神宗大怒，将其贬为广昌典吏。御史孙维城、杨绍程，给事中胡时麟等人又接连疏请，均被神宗惩处。接二连三的责罚没能吓退言官，都给事中王三余，御史何倬等又各自疏请，最后，神宗干脆不表态了，将所有奏疏留中不发，来个以静制动，大臣却也没辙了。到了万历十六年，已经迫近神宗所说的再过两三年的期限，大臣们又纷纷请求早立太子，神宗不为所动，只是批示“候旨行”，就这样一直拖到了万历十八年。
十八年伊始，阁臣申时行等人被神宗召见时，再次提出早定储位，但神宗却闪烁其词，不予正面回应。于是阁臣以集体请职力争，在这样的压力面前，神宗被迫妥协，传旨说只要廷臣不再奏请了，就会在后年册立皇太子。言下之意只要有人再闹，这道旨意就不作数了。廷臣为了册立的顺利进行，保持了缄默，但是眼见快要到期，却不见任何册封的迹象。按捺不住的工部主事张有德请神宗早做准备。这一奏正是神宗所期望的，于是传谕将册封推延至二十一年再举行。其实明眼人都知道，这只不过是神宗不想册立常洛为太子的借口。
二十一年正月，神宗传旨说要在今年春天举行册封，廷臣鉴于张有德的教训，都没有再行疏请。但随后神宗却突然提出，皇后年龄尚小，还有产子的可能，要等待嫡子的出生，准备先将常洛等人封王。此时的内阁首辅王锡爵左右为难，于是他“拟两旨以进，一为册立定期。一则云中宫年少，且待数年后，有嫡立嫡，无嫡立长，以遵祖制，今且并封三王以俟之”。但神宗并没有考虑第一种方案，而是直接向礼部下达了“三王并封”的旨意。苦苦等待却换来如此结果，廷臣自然不肯罢休，纷纷上疏要求如期册立。首辅王锡爵倍感舆论压力，也力请按原定时间立储。面对举朝反对，神宗也只好作罢，再次摆出拖延的姿态，下令要再等两三年。八月，王锡爵再次奏请册立太子，并请皇长子出阁讲学。神宗虽然答应了此请求，但却提出要皇三子常洵也一起出阁。在明代，出阁读书的权力为皇太子独享，一旦出阁，也就意味着皇太子地位的初步确认。神宗想让常洵一起出阁读书，表明二者皆有当选太子的可能。这一无理要求被内阁封还。最终，朱常洛于二十二年二月出阁读书，对此，明人沈德符评论说“虽未正储皇之位，而人心遂大定矣”。
以出阁读书换取对于皇长子太子身份的承诺只是一种权宜之计，随着皇长子常洛慢慢长大，册立还是势在必行。神宗感受到了来自大臣的压力，于是在二十六年底传谕将册立太子与分封诸王一起举行，但只有传谕，并不见落实。廷臣依旧前赴后继地奏请，神宗不胜其烦，传旨说册立已经有了日期，不许再上奏叨扰了。二十八年七月，神宗又以常洛身体比较虚弱为由，推迟册封大典。十月再次传谕说要在明年春天举行，总之就是一拖再拖。到了二十九年年底，神宗态度来了个一百八十度的转变，连夜下诏举行册立，据说是因为郑贵妃藏匿玉碗一事，惹怒了神宗。但这毕竟是在气头上作出的决定，平息后的神宗又欲更改期限，阁臣沈一贯等宁死不从，册立太子一事总算是定了下来。
按说太子已经册立，国本之争算是结束了，可事实并不是这样的。在册立之后，朱常洛的待遇并没有因此得到改善，地位也没有因此而提升，处境依然很危险，万历三十一年的“妖书案”就是一个很好的证明。“妖书”的大意是说神宗立朱常洛为东宫只是迫不得已，以后必定会改立常洵。类似的“妖书”早在万历二十六年就曾出现过，名《忧危竑议》，此书假托朱东吉之口揭露了郑氏的夺嫡之念，但由于神宗的压制，此案未起波澜。“妖书”在太子册立后再次出现提醒廷臣，太子的位置依然不稳固。而且，“妖书”的出现也不是空穴来风，它与福王朱常洵之国的问题密切相关。为什么这么说呢?按照明代的定制，福王成年后就应该到他的封地去，谓之“之国”，但郑氏对于立储并没有彻底死心，还是把福王留在京师不让他就藩，而神宗也是三番两次地故意拖延，这实际上就释放出一个信号，那就是虽然太子已立，但随时都有可能被福王取代。于是廷臣争相奏请福王之国。对此，神宗先以福王府邸未成为借口;四十年冬，福王府邸落成，首辅叶向高奏请福王之国，神宗传谕说福王将于明春之国;到了第二年春天，并不见福王有之国的迹象，于是兵部尚书王象乾又奏催福王之国，对此，神宗说亲王之国的时间是在春天，现在已经快过了，明年再去吧。对于神宗的推延政策，大臣早就洞悉，不断上疏力争。不久，神宗又传旨说要想让福王之国，必须要为他准备四万顷庄田。对于这一苛刻条件，首辅叶向高表示不可能办到，但神宗仍坚持四万倾之说，并不退让，欲以此继续拖延时间。后又传谕内阁，欲以为太后祝寿为借口拖延之国日期，但此议为叶向高封还，他本人也以辞退力争。后来在李太后的帮助下，福王终于四十二年三月就藩。至此，前后延续了近三十年的国本之争才最终落下帷幕。
国本之争中，神宗其实是倾向于立宠妃郑氏之子为太子的，这种意向较为明显。若非大臣前赴后继地疏请、力争，朱常洛最终能否当上太子，就很难说了。如果说明代的大臣都是唯唯诺诺地听命于皇权，他们为什么敢如此勇敢地劝谏甚至顶撞君主呢。如果说皇权是至高无上的，那么为朱常洵为何未能如愿以偿地被册封为太子呢?所以说明清时代远不是人们想象的那样，皇帝的意志统领一切，一切都是专制的。皇帝的行为如果不符合礼法、规则(比如国本之争中，皇帝一意想立朱常洛为太子的行为并不符合中国传统社会立储时“有嫡立嫡、无嫡立长”的原则)，也会遭到官员们的反对，从而在压力下放弃自己的不合理行为。更进一步说，中国传统政治文化中是存在约束皇权的力量的，只不过这种约束并非来源于制度性的强硬规定，而是官员对于政治合法性的理性坚守，以劝谏、力争甚至请辞等各种方式表达出来。当然，我们不宜将这种约束看得过高，毕竟，这种约束并不能时时束缚住君权的越轨行为。